En una carta que le dirigió Marañón se lo dijo a Miguel de Unamuno: «Su retrato está en lugar preferente de mi despacho para que el mundo lo vea, como al de un padre, que lo es Vd. de todos». Unamuno y Baroja, los grandes intelectuales y literatos vascos de su tiempo, fueron para él primero referentes intelectuales y después amigos.
En el caso del hosco Pío Baroja, Marañón no se atrevió inicialmente a acercarse a él pero después le acompañó en su ingreso en la Real Academia Española de la Lengua en 1935, cuando el discurso de ingreso de Baroja fue respondido por él; le ayudó durante el exilio en París, donde el donostiarra comía todos los viernes en el hogar de los Marañón; y acabó siendo un asiduo en Itzea.
Al final de la vida del de 'Las inquietudes de Shanti Andía' dejó escrito el médico: «Don Pío, con su boina, con sus barbas blancas, con el rostro afinado por el tiempo, con la mirada un poco triste de haberlo visto todo, es un símbolo de su tiempo y de su raza, y lo será para siempre».
