Al igual que en Gipuzkoa, también en Álava y Vizcaya las explotación científica de yacimientos arqueológicos ha generado una considerable cantidad de huesos, piezas de metal y piedra, a los que hay que añadir la documentación asociada a los hallazgos. Pero, a diferencia de Gipuzkoa, cuando entró en vigor la Ley de Patrimonio Cultural Vasco que dejaba en manos del ejecutivo la titularidad, custodia y gestión del patrimonio arqueológico y paleontológico, ambos territorios contaban con sendos Museos de Arqueología que pasaron a convertirse en centros de depósito de dichos fondos, función que, mediante adjuditación pública, ha desempeñado en Gipuzkoa durante los últimos años la Sociedad de Ciencias Aranzadi, dando continuidad a una tarea que venía desempeñando, en otro marco, desde la década de los cincuenta.
A pesar de contar con instalaciones inicialmente idóneas, también en Álava y Vizcaya la custodia de ese patrimonio ha dado lugar a complicaciones que se resolverán en el futuro con las inauguraciones de nuevos Museos de Arqueología, dependientes en ambos casos de las diputaciones forales, en Vitoria y en Bilbao, ya que los anteriores se habían quedado pequeños y sus instalaciones anticuadas. En el de Vitoria, cuyas obras se iniciaron en 2003 y han estado paralizadas durante casi un año, se retomaron los trabajos en enero, y debería estar terminado para finales de año. Del año que viene hablan también para la inauguración del Museo de Arqueología de Vizcaya, cuya construcción también ha experimentado retrasos.
