Los documentos más antiguos sobre la existencia de la Villa de Altza los encontramos en actuaciones que tenían como eje central la actividad de su parroquia de San Marcial. Fue fundada el año 1390 debido a que, aunque sus vecinos eran pocos, se encontraban a gran distancia de las parroquias más próximas, siendo esta circunstancia más que suficiente para que los responsables de la época consideraran oportuno poner remedio a sus necesidades espirituales. El obispo de Pamplona, Martín Zalba, -quien, por cierto, aquel mismo año fue nombrado cardenal por el antipapa de Avignon, Clemente VII- promulgó el decreto de creación del templo «para que los moradores de aquella alturita y sus aledaños pudieran oír la Santa Misa» conservando, a pesar de ello, la costumbre, entonces habitual, de que, cuando se trataba de fiestas religiosas importantes, tuvieran la obligación de asistir a las misas celebradas en las parroquias matrices».
Pero no bastaba con tener la iglesia, eran necesarias personas que atendieran a su conservación, y los curas de San Sebastián, a la vista de lo ocurrido con el señor obispo que decidió seguir al antipapa aragonés Pedro de Luna, participaron en la confusión del cisma creado al efecto poniendo en duda la propia legalidad de la iglesia fundada en Altza.
Así las cosas, el 2 de septiembre de 1395, se nos dice que Alza «siendo apenas un grupo de casas que permanecían aisladas entre sí, sin siquiera formar calle», dedicados sus moradores a los trabajos propios del campo, «celebraron una concordia con el cabildo de San Sebastián» para que fueran los sacerdotes de Santa María o San Vicente a celebrar Misa los días de precepto, debido a que las pequeñas dimensiones y la escasa economía del lugar no permitían el mantenimiento de curas. El Beneficiado semanero de las iglesias intramurales (Parte Vieja) al que correspondiera subiría hasta Altza todos los domingos y los días en que se celebraba la fiesta de los distintos Apóstoles, teniendo ello como consecuencia que los diezmos y primicias (las limosnas) que se recaudaban en dicha parroquia pertenecían a las iglesias de Santa María y San Vicente teniendo derecho por ello, los vecinos de Altza, a acudir con su Cruz Alzada a las procesiones generales que se celebraban en San Sebastián.
Paralelamente, Santa María, con el diezmo que conseguía por todos los conceptos debía cubrir las necesidades de las parroquias que estaban bajo su tutela, entre ellas las de San Marcial. Dicho estado de cosas se mantuvo hasta 1620, fecha en la que la parroquia se emancipó de la matriz y fue dotada de clero, eximiendo del citado compromiso al de San Sebastián. En estos años Altza empezó a recibir la visita de los franciscanos que recién instalados en Atocha «comenzaron a santificar los barrios de Alza, Egia, Ulía, Concorronea, Zarategui y Bustincholo». La primitiva iglesia, nos dice el doctor Camino, conocida como San Marcial de Alza, «era de tablas, sin duda por la cortedad y penuria de sus feligreses», siendo la segunda en antigüedad «de graciosa arquitectura en su bóveda, formando arcos con chapiteles de columnas al aire y suspensos, sin que tengan columnas sobre que estriben». Sus torres sobresalían para descubrir gentes a mucha distancia y, aunque pequeña, tenía «decentes altares y pinturas en el mayor».
En las campas de aquella iglesia, según Gamón, se produjeron en 1529 desgraciados enfrentamientos cuando los vecinos de Rentería y San Sebastián enviaron a gente asalariada para que interviniera en la disputa que iba a celebrarse sobre la posesión del puerto de Pasajes y, cuando más acalorada estaba la discusión, actuaron los pistoleros originando una sangrienta batalla.
Aunque, como ha quedado dicho, en 1620 Alza consiguió desligarse del cabildo donostiarra conservando su propia administración, siguió dependiendo de la jurisdicción eclesiástica de San Sebastián. Algo parecido ocurrió en el ámbito municipal: ante las pretensiones de los donostiarras de integrar en su territorio a dicha población, en noviembre de 1729 fue confirmada la administración económica autónoma de Altza, creándose su propio Ayuntamiento, aunque presidido por el alcalde de San Sebastián. Ambas partes quedaron satisfechas, pero los vecinos del lugar no cesaron en sus gestiones para conseguir su plena independencia.
El 30 de julio de 1914 se puso la primera piedra de la nueva parroquia, contando Altza con 2.683 habitantes. La construcción del templo supuso la reestructuración de la antigua parroquia y con ella la desaparición de la Cofradía del Rosario (Errosariyoko kofradiya) que seguía las directrices de Santo Domingo de Guzmán, fundador de la orden de Predicadores. A esta cofradía -nos recuerda Josu Tellabide en su Registro Toponímico Donostiarra- pertenecían la mayoría de los caseríos de Altza, conservándose en la propia fachada de la casa Moliño una hornacina con la figura del santo. El doctor Lope de Isasi cuenta que en 1850 «Alza es de poca población, pero de casas solares muy antiguas, con tierras, manzanales y montes, habiendo dado a la historia famosos capitanes, grandes marinos y valientes soldados». El Album gráfico descriptivo del País Vascongado, publicado por Rafael Picavea en 1915, cita como apellidos originarios de la Villa de Altza los de Arnaobidao, Arriaga, Arzac, Bera, Capiain, Casares, Darrieta, Gaztelu, Illarradi, Miravalles, Parada y Zapiain.
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