Nacido en San Sebastián, el 13 de noviembre de 1961, José Ignacio Munilla estudió Bachillerato en el Colegio del Sagrado Corazón de Mundaiz. Posteriormente hizo los estudios eclesiásticos en el Seminario Mayor de Toledo, continuándolos en el de San Sebastián por espacio de dos años. Fue ordenado sacerdote por José María Setién, el 29 de junio de 1986, en la catedral del Buen Pastor de San Sebastián. A partir de ahí, Munilla desarrolló su ministerio sacerdotal en Zumarraga como coadjutor de la Parroquia de la Asunción (1986-1990) y como párroco de El Salvador (1990-2006), donde llevó a término la construcción del actual templo parroquial.
Fue entonces cuando comenzó una nueva etapa. Nombrado obispo de Palencia en 2006, desde los primeros pasos de su ministerio, mantuvo una relación muy asidua con el mundo joven y su problemática, sobre todo con el mundo de las drogas.
En su diócesis de Palencia, fundó un centro de orientación familiar. Asimismo, puso en marcha el Proyecto Raquel, para acompañar a las madres que se vieron abocadas a abortar en su día, y que ahora sufren las consecuencias psicológicas y morales de aquella decisión. Ha publicado tres Cartas Pastorales. Entre ellas: una dirigida a la juventud, bajo el título «Manda el porro a la porra». Es un habitual de la prensa escrita, además de colaborar en Radio María y en distintas webs. También tiene la suya propia página «enticonfio.org». De él se dice que es un ortodoxo en la Iglesia que rompe esquemas.
