Una vez perforado el túnel, será «imprescindible impermeabilizar su revestimiento con el objeto de impedir su funcionamiento como dren del acuífero. Dado que, en muchas ocasiones, la impermeabilización total del túnel es imposible, «deberá conseguirse un grado tal de estanqueidad que el aporte de agua al túnel sea lo suficientemente pequeño como para que no influya sensiblemente en el funcionamiento del acuífero ni en sus aprovechamientos.
En el que caso de que las medidas preventivas resulten insuficientes, las medidas correctoras a adoptar serían: en el caso del manantial de Abola, y en el caso de fuese utilizado para el abastecimiento a Elorrio, los caudales detraídos serían reemplazados por el agua afluyente al túnel, que saldrá a superficie por el emboquille Norte (Elorrio). Y en el caso de Bostiturrieta y Kobate, el abastecimiento de agua se efectuaría desde el embalse de Urkulu.









